Archivní fondy uložené ve Státním okresním archivu Kolín lze rozdělit do následujících skupin:

• Okresní fondy. Představují dokumenty okresní politické správy a samosprávy, finanční správy, okresních národních výborů, soudní správy, zdravotních a sociálních ústavů s okresní působností od poloviny 19. století. (93 fondů, 2244, 61 bm).
• Fondy měst a obcí. Zde jsou zařazeny dokumenty místní samosprávy a místních národních výborů. Kromě archivních fondů někdejších královských měst Český Brod, Kolín a Kouřim, jejichž počátky sahají hluboko do středověku, a tomu odpovídá i zachovaný archivní materiál od konce 13. století, pečuje archiv o řadu fondů dalších měst a městeček, jejichž písemnosti se zachovaly až od raného novověku. Dokumenty obcí jsou zachovány přibližně od poloviny 19. století, ve větší míře až od počátku 20. století. Součástí těchto fondů bývají pamětní knihy, které jsou hojně badatelsky využívány.  (381 fondů, 890,91 bm)
• Fondy škol. Tato skupina soustřeďuje archiválie základních, středních a učňovských škol a jejich předchůdců od roku 1790 a školské správy – místních a okresních školních rad a okresních školních výborů. (292 fondů, 375, 29 bm)
• Fondy církevních institucí. Na základě depozitních smluv pečuje archiv o dokumenty římskokatolických vikariátních, děkanských a farních úřadů na území kolínského okresu z let 1570–2000 a dále fond Farního úřadu českobratrské církve evangelické ve Velimi.  (46 fondů, 100,68 bm)
• Fondy cechů a živnostenských společenstev. Archivní fondy tohoto charakteru dokumentují historii řemeslné výroby a života řemeslníků v letech 1536–1953. (154 fondů, 19, 55 bm)
• Fondy spolků, politických stran a společenských organizací. Pod tímto souhrnným názvem jsme soustředili spolky a jejich předchůdce, které vznikaly na základě spolkových zákonů od poloviny 19. století, a novodobé společenské organizace, jež začaly působit od počátku 50. let 20. století, které zastřešoval okresní výbor Národní fronty. V této skupině jsou také dokumenty okresních a místních politických organizací a politických stran. (467 fondů, 157,93 bm)
• Fondy družstev. Tato skupina původců představuje družstva různého typu, nejstarší jsou vodní a meliorační družstva, k nim se přidružují spotřební, stavební, mláticí,  jednotná zemědělská družstva.. (112 fondů, 201, 61 bm)
• Sbírky. Zde nalezneme opravdu různorodý materiál. Sbírky byly vytvořeny uměle jednak na základě specifického charakteru dokumentů úřední i neúřední povahy (typáře, mapy a plány, tisková dokumentace, fotografie), jednak z dokumentů nalezených či darovaných občany. (23 sbírek, 99, 82 bm)
• Osobní fondy. Archiv nemá ve svých fondech jen archiválie úřední povahy, ale i řadu osobních fondů zajímavého obsahu, jako jsou literární tvorba, korespondence, fotografie, návrhy uměleckých děl atd. (85 fondů, 28, 94 bm)
• Fondy podniků. Do této skupiny jsou zařazeny výrobní podniky a továrny, peněžní ústavy od historických až po současné společnosti, které v SOkA archivují své dokumenty. (138 fondů, 127, 30 bm)

SOkA Kolín spravuje ke dni 4. 10. 2019 celkem 1873 archivních fondů o délce cca 4259, 66 běžných metrů, k nimž je pořízeno 783 archivních pomůcek – inventářů a prozatímních inventárních seznamů.

Informace o všech archivních fondech a sbírkách našeho archivu lze získat z Archivního VadeMeCa.